Перед посадкой растений и рыб в аквариум, его следует подготовить. Каркасный аквариум тщательно промывают теплой водой. Новый аквариум нужно тщательно промыть водой комнатной температуры с питьевой содой или хозяйственным мылом. Если аквариум сделан с применением замазки, то сначала нужно удалить с каркаса ее избыток, затем вымыть аквариум. Затем его наполняют водой комнатной температуры в зависимости от замазки на срок от 2—3 до 10 суток. Через 2—3 суток процедуру следует повторить.
Воду нужно менять два-три раза, пока не пропадет запах краски. Через 10 дней воду из аквариума выливают и продолжают подготавливать его для рыб. Цельностеклянные аквариумы и аквариумы из органического стекла промывают теплой водой с добавлением соли или 5 %раствором уксусной или соляной кислоты. После этого их еще раз промывают теплой водой. Новый аквариум сначала заполняют водой до половины, а через 2—3 дня уровень увеличивают так, чтобы до верхнего края оставалось 4—5 см. Тем самым давление на стекла аквариума увеличивается водой постепенно, и они не лопаются.
Окончательно аквариум можно заполнять водопроводной не хлорированной водой с применением шланга. Заполняя водой небольшой аквариум без применения шланга под струю следует подставлять широкую тарелку руку кусок фанеры, лист картона, иначе приготовленный грунт будет размыт. При заполнении водой большого аквариума рекомендуется пользоваться шлангом. Воду желательно лить на глубокую тарелочку, поставленную на другую тарелку стоящую вверх дном на грунте. Обитателей аквариума нельзя помещать в только что налитую водопроводную воду, так как растворенный в ней воздух, выделяясь в виде пузырьков, вредно действует на рыб, что приводит нередко к их гибели.
Количество газов, растворенных в воде, возрастает со снижением ее температуры и понижается при ее повышении. На этом основан весьма быстрый способ удаления излишка растворенного в воде воздуха: перед заливкой аквариума воду достаточно подогреть до температуры 60—70 °С и затем остудить до комнатной температуры.
Водопроводной воде надо дать отстояться в течение одних-трех суток (в зависимости от содержания в ней хлора), иначе вносимые вместе с аквариумными растениями микроскопические обитатели обычного аквариума, многие из которых необходимы в комплексе населения аквариума, могут быть уничтожены растворенным в воде хлором. Из воды, отстоявшейся в течение суток при комнатной температуре, улетучивается большая часть хлора. Полностью хлор испаряется значительно позже. Нагревание воды до 60—70 С ускоряет процесс выделения хлора. Отстоявшуюся водопроводную воду перед заливкой в аквариум следует предварительно подогреть до температуры 18—20 °С. Она должна быть прозрачной, бесцветной, чистой от примесей вредных солей кальция и железа, мягкая, без запаха.
Также можно использовать воду, взятую из чистых ручьев или природных водоемов, где не обитают рыбы. Однако заливка аквариума речной или озерной водой не всегда проходит благополучно, поскольку вода природных водоемов содержит различные микроорганизмы, некоторые из которых (обычно микроскопические водоросли), попадая в аквариум, находят там благоприятные условия жизни и размножаются в огромном количестве, вызывая помутнение или позеленение воды. Если только что залитая вода, взятая из природного водоема, стала через какое-то время мутной, посадку растений откладывают на несколько дней. Аквариум следует плотно затенить, с тем чтобы он постоял в темноте до просветления воды. При этом микроскопические водоросли гибнут, поедаемые размножающимися инфузориями.
Некоторые аквариумисты предлагают заполнять аквариум водой сразу после посадки растений, а не до нее. В этом случае для заполнения аквариума водой рекомендуется применять воронку с отражательной тарелочкой. Для аквариума необходимо найти покрытие (обычно толстое стекло), которое бы предохраняло его от пыли, не позволяло рыбам выпрыгнуть из него, препятствовало слишком быстрому остыванию воды и ее испарению (это приводит к повышению влажности в помещении). Если же в помещении воздух слишком сухой, аквариум можно использовать для его увлажнения. В этом случае аквариум можно не накрывать, однако следует снизить уровень воды, чтобы рыбы не могли из него выпрыгнуть.
Для обеспечения лучшей циркуляции воздуха, а также во избежание ржавления аквариумов с железными каркасами в результата накопления воды на покрытии из-за ее конденсации или от брызг распылителей покрытие кладут не на стенки аквариума, а на подставки высотой 5—15 мм. Такими подставками могут быть приклеенные куски ластика, полоски из органического стекла, зажимы из неокисляющегося металла. Аквариум, в котором содержатся рыбы, способные хорошо прыгать или вылезать по стенкам через щель, должен быть плотно накрыт.