Основные цели и задачи фильтрации – удаление из воды взвешенных частиц и продуктов метаболизма, а также замедление процесса накопления ядовитых веществ.
Без использования биологического фильтра в том или ином виде ни морской, ни солоноватоводный аквариумы просто немыслимы, так как спустя считанные дни все рыбы и другие о битатели будут отравлены собственными выделениями и продуктами их разложения.

Таким образом, главная задача фильтрации – выведение этих выделений за пределы аквариальной системы, и чем быстрее, тем лучше. С этой целью насосы должны прокачивать воду через систему фильтров с высокой скоростью.
В обычных системах скорость циркуляции воды составляет 4–6 объемов воды в час. Вода аквариума очищается от взвешенных частиц в механическом фильтре, дальнейшая очистка происходит в биологическом фильтре. В своей основе этот фильтр представляет собой помещенный в тот или иной корпус субстрат в виде гравия или различных природных или синтетических наполнителей. На поверхности субстрата живут колонии бактерий, преобразующих токсические продукты разложения выделений морских животных в менее ядовитые субстанции. Этот процесс называется нитрификацией, то есть выделения гидробионтов преобразуются в производные азота – аммоний и аммиак, нитриты и нитраты. Вода, богатая кислородом и пр иводимая в движение насосами, омывает этот субстрат, очищаясь. После прохождения воды через систему механической и биологической очистки в ней все же остаются и, более того, со временем накапливаются органические и неорганические вещества, которые нитрификационный биофильтр не в состоянии переработать.

Вид сверху на фильтр морского аквариума, расположенный в поддоне. поддон с системой фильтрации чаще всего размещается в тумбе под аквариумом. слева находится скиммер-камера с насосом, справа – система фильтрации

В простейшем случае и при небольших объемах аквариума предотвратить накопление этих веществ поможет регулярная подмена воды. В самых совершенных системах часть этих веществ удаляется из воды в процессе химической фильтрации, а также при обработке воды другими микроорганизмами в фильтре-денитрификаторе. Рассмотрим этапы очистки и устройства для ее реализации.