Многие инфузории, жгутиконосцы, сосальщики, вызывающие такие заболевания, как ихтиофтиридиоз, тризодиниоз, хилодонеллёз, костиоз, оодиниоз, гексамитоз, криптобиоз, дактилогироз, гиродактилёз, оставшись без хозяина, могут жить в аквариуме сравнительно недолгое время. Если существует полная уверенность, что возбудителями были выше перечисленные паразиты, дезинфекция аквариума необязательна. Достаточно на 15 суток удалить рыб из аквариума и на протяжении 12 дней поддерживать в аквариуме температуру 24-26 градусов, 3 дня — 32-33 градуса. Не покрытые цистой паразиты погибнут в первые три дня, а покрытые цистой, развившись через 3-12 дней, не найдут себе нового хозяина и погибнут через трое суток (температура 32-33 градуса их убьёт). По истечении указанного срока можно запускать рыбу обратно.
Однако большинство возбудителей заразных болезней способны жить в аквариуме продолжительное время или оставаться на инвентаре в виде цист, яиц и т.п. В таких случаях аквариум, растения, грунт, инвентарь подлежат дезинфекции.
Для дезинфекции аквариума обычно используют дезинфицирующий раствор. Фильтрующий материал, распылители, сачки кипятят в течение 10-15 минут. Нагреватели, термометры, шланги, корпус фильтра (имеется ввиду пластмассовый), резиновые присоски кипятить нельзя. Их обрабатывают дезинфицирующими растворами. Распылители можно на несколько часов погрузить в азотную кислоту. Инвентарь также очищают с помощью мягкой щётки, промывают несколько раз водой. Грунт аквариума кипятят в течение 30 минут или заменяют новым.
Существуют различные препараты для дезинфекции аквариума и инвентаря:
0,1 %-ный раствор перманганата калия;
3 %-ный раствор хлорамина;
4 %-ный раствор формалина;
5 %-ный раствор соляной или серной кислоты;
5 %-ный раствор хлорной извести.
Аквариум заливают раствором до краёв. На следующий день раствор выливают. При обнаружении микобактериоза применять кислотные препараты бесполезно, поскольку бактерии на них не реагируют. В таких случаях можно применить стиральные порошки (450 г порошка на 30-40 литров воды). В этом же растворе можно промыть и инвентарь. Проведя дезинфекцию, все предметы несколько раз тщательно промывают тёплой водой и ополаскивают. После этого наливают воду в аквариум, оставляют её на несколько дней, затем выливают и на этот раз заливают окончательно.
Для дезинфекции можно применять озонирование воды или облучение её бактерицидной лампой на протяжении 15-20 минут. Растения (если они не подлежат уничтожению) обычно помещают на 2-3 дня в раствор пенициллина (50 мг на 10 литров воды). Также можно использовать раствор бициллина-5 из расчёта 150000 ЕД на 10 литров воды. Дезинфекцию предварительно промытых растений проводят в сосуде с водой при температуре 24-26 градусов в течение 5-6 дней. Свежеприготовленный раствор вносят раз в сутки, предварительно заменив воду. В первые два часа сосуд затеняют, затем держат при обычном освещении.
При некоторых болезнях (к примеру, при плистофорозе, глюгеатозе, узелковой болезни, возбудители которых могут находиться в стадии покоя в виде спор, защищённых оболочкой) дезинфекция аквариума и водной растительности к положительному результату не приводит. В этом случае растения необходимо уничтожить.
